海洋微生物菌种保藏管理中心（Marine Culture Collection of China, MCCC）成立于2004年，挂靠于国家海洋局第三海洋研究所，是专业从事海洋微生物菌种资源保藏管理的公益基础性资源保藏机构，负责全国海洋微生物菌种资源的收集、整理、鉴定、保藏、供应与国际交流。该中心依托于国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室，中心与实验室在海上调查、新资源采集、应用潜力评估、资源共享与平台建设等方面开展了大量工作。

   从2004起本中心作为牵头单位承担了科技部“海洋微生物资源整理、整合与共享试点”项目，整合了包括国家海洋局第三海洋研究所、国家海洋局第一海洋研究所、中国极地科学研究中心、中国海洋大学、厦门大学、香港科技大学、青岛科技大学、山东大学威海分校、华侨大学、中山大学等10家涉海科研院所在内的近海、深海与极地的微生物菌种资源。初步建立了我国第一个具有代表性的海洋微生物菌种保藏管理中心，具备了微生物菌种的保藏、管理与服务的基本功能。

   海洋是微生物资源的宝库，有大量的新资源等待开发。海洋微生物在新型活性物质筛选、工业用极端酶与生物催化剂开发以及污染物生物治理等各方面有重要的应用前景。MCCC设有冷冻真空干燥菌种保藏库、液氮冻结菌种保藏库和超低温冰箱冻结菌种保藏库。目前库藏海洋微生物16000多株，其中细菌518个属1973个种；酵母38个属，128个种；真菌90个属，170个种。MCCC海洋菌种资源种类新颖多样，应用潜力巨大。从分离的海域看，已经涵盖了国内海洋微生物的所有的分离海域和生境，来源多样，除了我国各近海，还包括三大洋及南北极。有较多的嗜盐菌、嗜冷菌、活性物质产生菌、重金属抗性菌、污染物降解菌、模式弧菌、光合细菌、海洋放线菌、海洋酵母以及海洋丝状真菌等等，而更多菌的资源价值还有待深入研究。

       MCCC为国内科研院所以及检验检疫等部门提供各种菌种服务，包括资源共享与委托保藏。此外，作为WFCC（World Federation for Culture Collections）成员，可为海洋微生物新物种发表提供菌种保藏证明。